一审法院经审理查明：某股份公司（A公司）拥有四块商服用地使用权，并将上述土地抵押给相关银行用于贷款担保，抵押期限自2005年至2011年。2005年12月1日，某房地产开发有限公司（B公司）与此公司签订了《联合开发协议》。约定：第一条，某股份公司现已将上述土地抵押给某银行融资贷款，同意在约定时间内将该土地的抵押权解除；第二条，以某房地产开发有限公司出资、索特公司出土地使用权，共同投资、共享利润的方式，共同进行房地产开发；第四条，B公司承诺按项目开发需要逐步投入开发资金，首期资金500万元在合同签订之日起7个工作日内到位，用于前期开发筹备工作。A股份公司承诺，本项目所涉及的土地已办理的抵押手续应在不影响开发进度的前提下办理解除抵押的相关手续，并保证不存在其他权利瑕疵，也没有被司法机关查封或被行政机关限制。若第三人对该地块权益提出主张，或权属手续不完善，或有权属障碍，由索特公司负责解决，并独自承担其费用，由此给B公司造成的损失，A公司应承担违约责任；第五条，B公司提供合作项目的全部建设资金不低于4亿元，A公司提供合作项目合法取得的全部建设用地；第六条，B公司对A公司的办公大楼进行四星级酒店的改造升级，改造金额3100万元，改造后，其产权归A公司所有；第九条，土地上的建筑物、构筑物由B公司负责拆除；第十条，本协议签订后，A公司违约不与B公司合作，或者在本项目的方案设计经过政府的审核同意后，A公司不配合B公司向政府以双方名义申请审批联建、立项、规划等工作的，视为A公司根本违约，A公司按照B公司总投资额的30％向B公司支付违约金，并赔偿因此给B公司造成的包括并不限于前期设计及往返谈判等各项经济损失；因B公司资金不能按开发进度到位而影响了开发或B公司未按时支付A公司利润款，B公司应按总投资额的30％向A公司支付违约金，因项目开发资金问题而造成停工30天以上，除B公司应向A公司支付违约金以外，A公司有权终止合同，并有权通过法律途径要求B公司支付因此造成的全部损失。
    2005年12月1日，B公司与索特公司又签订了《联合开发协议之补充协议（一）》（以下简称《补充协议》）。约定：1. 本项目具备开工条件时，双方共同确定“花园联合开发项目开发进度表”，并以此作为B公司开发资金到位及A公司工作配合的时间表；2.本项目无论以任何方式开发、分配所涉及的税费，由B公司承担，A公司只以本补充协议第四条约定的利润分配方式获得税后利润； 3. A公司以实际交付给B公司开发的土地使用权计算分配的税后利润，双方同意按照37万元／亩计算出总利润额，由B公司按本条支付给A公司。A公司对B公司在开发本项目产生的经营风险及亏损不承担任何责任。本补充协议签订之日起一年内，B公司向A公司支付总利润额的30％；本补充协议签订之日起二年内，B公司向A公司支付总利润额的40％；本补充协议签订之日起三年内（或开发期满），B公司向A公司支付总利润额的30％，B公司已向A公司支付的履约定金转为利润额，冲抵B公司应付给A公司的利润额；4. 在本项目开工之时，B公司对A公司现有的办公大楼进行四星级酒店改造，并于一年内按A公司的方案完成改造，改造所产生的费用3100万元由B公司承担，该费用不属于本补充协议第四条B公司支付A公司利润的范围；5. 本《补充协议》是《联合开发协议》的有效附件，与《联合开发协议》有冲突之处，以本《补充协议》为准。
    2005年12月5日，B公司向A公司发出《花园联合开发项目开发进度表（一）》，载明，为推进各项工作的顺利进行，请A公司在相应时间内配合完成项目前期开发工作，于2006年1月20日前办理好土地解押手续，并要求A公司予以确认回复。A公司未予回复。
    2005年12月25日，B公司与中冶工程技术股份有限公司签订了《建设工程设计合同（一）》，约定，B委托中冶工程技术股份有限公司对花园城进行设计，设计费按22元／平方米计算，暂估为1100万元。合同签订后，中冶工程技术股份有限公司出具了设计平面图与设计效果图。
    2005年12月25日，B公司与某旅游公司签订了《人员借用协议》。约定，为配合B与A公司联合开发项目的进度，A宾馆已正式停业，为妥善解决旅游公司职工在项目建设过渡期间的工作安置问题，旅游公司以借用形式向B公司输出职工17人，B公司按照劳动法规定支付借用人员的报酬、社会保险和福利待遇。2006年3月10日，B公司分别向17名职工支付了18 980元工资。

    2005年12月，B公司与旅游公司签订了两份《借款协议》，约定，由B公司借款150万元给旅游公司。
    自2005年12月25日起，B公司多次致函A公司，要求A公司履行花园项目开发的配合工作。
    2006年1月4日，B公司与某地产顾问有限公司签订了《营销代理合同》。B公司委托地产顾问有限公司担任项目“全程开发顾问暨营销代理”，代理费用按照本项目销售合同金额的2.2％收取。合同签订后，地产顾问有限公司向B公司提供了《服务计划书》。
    2006年3月6日，中国建设银行致函A公司称，A公司未经该行同意，擅自将抵押物与他人合作进行房地产开发，严重侵害了该行的抵押权。要求A公司必须立即停止侵权行为。
    2006年4月10日，B公司与杨天歌签订了《房屋拆除合同》，约定由杨某承包花园项目范围内的地上建筑物拆除和垃圾清除工作。2007年4月12日，B公司与杨某又签订了《开发项目拆除补充协议》。该协议载明，因B公司未能履行其2006年6月开工的承诺，致杨某遭受一定经济损失，经双方协商，对2006年4月10日的《房屋拆除合同》作出一定修改。
    2005年12月29日，B公司向房地产管理局缴纳了2万元“房交会参展费”。2006年4月25日，B公司向某广告有限责任公司支付了“2006年房交会展台设计装修搭建费”40 340．5元。

    A公司2007年12月20日向高级人民法院起诉称：其与B公司签订《联合开发协议》和《补充协议》后，B公司并未按照合同约定履行相应义务，致使联建工作无法进行，联合开发的目的无法实现。据此，请求法院判决：1. 解除双方签订的《联合开发协议》及《补充协议》；2. B公司向A公司支付违约金1000万元；3. 新万基公司承担本案诉讼费用。

    B公司辩称：合同签订后，B公司积极履行了自身义务，但A公司却以各种理由拒不履行合同义务，导致联建工作无法开展。因此，B公司请求法院驳回A公司的诉讼请求。

    B公司反诉称：在《联合开发协议》及《补充协议》签订后，B公司积极开展前期开发工作，并多次催促A公司履行合同义务，但A公司至今仍未履行合同主要义务。此外，由于项目所涉土地价格上涨，A公司为独享项目利益，以种种借口企图毁约。据此，B公司请求法院判决：1.A公司向B公司支付违约金6000万元；2. 本案诉讼费用由A公司承担。

    A公司针对B公司反诉辩称：根据合同约定，B公司应先履行付款义务，并提供经政府审批的方案之后，才有权要求A公司履行相应的配合义务。但B公司至今未履行上述义务，因此，B公司的反诉请求不能成立，应当予以驳回。

    根据当事人双方上诉请求及答辩情况，本案争议焦点为：

    （一）《联合开发协议》及其《补充协议》的效力问题。

    （二）A公司是否应向新万基公司支付违约金。
    本院认为：

    （一）关于《联合开发协议》及其《补充协议》的效力问题。根据《担保法》第四十九条的规定，抵押期间抵押人转让抵押物应当通知抵押权人，否则转让行为无效；《物权法》第一百九十一条亦规定抵押期间转让抵押物须经抵押权人同意。其立法目的是为了确保抵押权人的利益不受侵害。但《担保法司法解释》第六十七条和《物权法》第一百九十一条也规定，未经通知或者未经抵押权人同意转让抵押物的，如受让方代为清偿债务消灭抵押权的，转让有效。即受让人通过行使涤除权涤除转让标的物上的抵押权负担的，转让行为有效。上述法律和司法解释的规定体现了相关立法和司法解释的指导思想是要在抵押权人和抵押人、受让抵押标的物的第三人之间实现利益平衡，既充分保障抵押权不受侵害，又不过分妨碍财产的自由流转，充分发挥物的效益。本案双方当事人在《联合开发协议》中约定由A公司在不影响开发进度的前提下办理解除抵押的相关手续，即以约定的方式将先行解除本案所涉土地上的抵押权负担的义务赋予了A公司；该约定既保障了抵押权人的利益，也不妨害抵押人和受让土地的第三人的利益，与《担保法》、《物权法》以及《担保法司法解释》保障各方当事人利益平衡的立法精神并不相悖，不违反法律规定。从合同法的角度看，转让方对转让标的负有权利瑕疵担保责任，其主动告知转让土地上的权利负担，并承诺由其在不影响开发进度的前提下先行解除抵押，该承诺构成合同中的负担行为，即承担义务的行为，符合意思自治和合同自由原则，且确保了抵押权人的利益不受侵害，与《担保法》、《物权法》和《担保法司法解释》的立法本意和制度设计不相抵触。因此，应当确认该《联合开发协议》及《补充协议》有效，双方应按照合同诚信履行，A公司有义务根据双方商定的开发进度清偿银行债务，从而解除该转让土地上的抵押权负担。其次，根据《物权法》第十五条的规定，当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者合同另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同效力。该规定确定了不动产物权变动的原因与结果相区分的原则。物权转让行为不能成就，并不必然导致物权转让的原因即债权合同无效。双方签订的《联合开发协议》及《补充协议》作为讼争土地使用权转让的原因行为，是一种债权形成行为，并非该块土地使用权转让的物权变动行为。相关法律关于未经通知抵押权人而导致物权转让行为无效的规定，其效力不应及于物权变动行为的原因行为。因为当事人可以在合同约定中完善物权转让的条件，使其转让行为符合法律规定。本案即属此种情形。综上，双方当事人签订的《联合开发协议》未违反法律强制性规定，应为有效合同。一审判决对此问题的认定适用法律不当，应予纠正。
    （二）A公司是否应向B公司支付违约金。一审判决根据双方签订的《联合开发协议》及《补充协议》约定的权利义务内容，确定双方的协议为土地使用权转让协议，此认定事实清楚，适用法律正确，双方当事人亦无异议，本院予以确认。土地使用权转让协议作为一项双务合同，要求出让方首先提供具有使用权无瑕疵的土地，受让方依约支付转让款。双方的《联合开发协议》第一条即明确了该转让土地已被抵押，且约定A公司履行解除抵押的义务。该条约定表明，A公司作为土地使用权的转让方具有消除转让土地上所存权利瑕疵的义务。双方在随后签订的《补充协议》中对履行各自义务的时间作出了约定，即以双方共同确定的《金三峡花园联合开发项目开发进度表》作为双方履行义务的时间表。B公司依《补充协议》的约定，于2005年12月5日向A公司提交了《金三峡花园联合开发项目开发进度表》，要求A公司解除转让土地上的抵押，A公司未予回复。A公司此举违反了《联合开发协议》第一条关于双方共同确定项目开发进度表的义务性规定，未能按协议约定适时解除转让土地上设定的抵押，提供无权利瑕疵的土地，此种消极不履行合同的行为，已构成违约。A公司的沉默行为，引起B公司对合同继续履行的正当信赖，导致B公司与中冶工程技术股份有限公司等第三方签订了工程设计等一系列与项目开发实施行为有关的合同。在此情况下，A公司提起诉讼请求解除《联合开发合同》及《补充协议》，根据《合同法》第一百零八条规定，应认定其构成根本违约。A公司辩称，A公司未能解除抵押的原因是由于B公司未能支付转让款，致使其无资金解除抵押。根据《联合开发协议》第四条A公司的承诺，A公司应以其自有资金履行解除抵押权义务，而不是以B公司先行支付转让款为条件，因此，A公司的抗辩理由不成立。

    综上，结合涉案土地已经大幅升值的实际情况，以及双方在土地使用权转让过程中的利益平衡，A公司应按《联合开发协议》第十条的约定承担违约责任。依据该条约定，A公司根本违约，应按照B公司总投资额的30％支付违约金。由于双方签订的《联合开发协议》实为土地使用权转让协议，故应将该条约定的“总投资额”变更为合同约定的转让款的数额，以之作为确定违约责任的计算依据。根据《补充协议》的约定，双方确定的A公司转让土地使用权的应得收益为10 360万元（280亩×37万/亩），B公司应负担的A公司办公楼装修款3100万元；作为土地使用权转让的对价，两项共计13 460万元。以此计算，索特公司应向新万基公司承担4038万元的违约金。新万基公司以其计划开发投入的总投资数额为依据主张索特公司应给付6000万元违约金的请求，系以合作开发为前提，与本案事实不符，本院不予支持。鉴于B公司认为索特公司不履行合同义务已构成根本违约，本院对此也予以确认，且A公司在一审诉讼中请求解除双方所签订的合同，故双方签订的《联合开发协议》及其《补充协议》应予解除。B公司在诉讼中提出，为履行协议实际支付了相关费用，要求本院予以确认；由于此项主张并非其一审的诉讼请求，且A公司应支付的违约金已超出了该项请求，本院二审对该项主张不予支持。
    本院认为，双方当事人签订的《联合开发协议》及其《补充协议》系当事人的真实意思表示，不违反法律和行政法规的禁止性规定，合法有效。A公司未履行合同义务的行为，构成违约，应承担合同约定的违约责任。B公司的上诉理由部分成立，本院予以支持。